La marca de Atyrá es una representación visual que encapsula la identidad y los valores de la ciudad. Está compuesto por letras redondeadas. La “A” tiene una pata izquierda extendida, haciendo referencia al Templo del Complejo Marianela. La “T” en conjunto con la “Y”, simbolizan el trabajo de una persona en cuero. La “R” y la “A” van juntas, teniendo la “A” un acento en forma de hoja, representando la conexión con la naturaleza.